Τα H. influenzae είναι gram-αρνητικά πλειομορφικά ραβδόμορφα ή κοκκοειδή κύτταρα με διαστάσεις (0,2-0,3) x (0,5-2) μm. Εντοπίζονται σε επιχρίσματα μεμονωμένα ή σε ζεύγη, και μερικές φορές με τη μορφή βραχέων αλυσίδων και ομάδων. Σε πυκνά μέσα σχηματίζουν μικρές (διαμέτρου έως 1 mm) στρογγυλές άχρωμες αποικίες. Οι μικροοργανισμοί είναι ακίνητοι, δεν σχηματίζουν σπόρια, αλλά είναι πιθανός ο σχηματισμός καψικών μορφών, με τις οποίες σχετίζονται παθογόνες ιδιότητες. Το παθογόνο παράγει ενδοτοξίνη, ο φορέας της οποίας θεωρείται ότι είναι οι καψικοί πολυσακχαρίτες.