Οι πιο συχνές ενδείξεις για μεταμόσχευση κερατοειδούς είναι η πομφολυγώδης κερατοπάθεια (ψευδοφακική, ενδοθηλιακή δυστροφία Fuchs, αφακική), ο κερατόκωνος, η μεταμόσχευση επαναιστών, η κερατίτιδα (ιογενής, βακτηριακή, μυκητιασική, ακανθαμοιβάδα, διάτρηση) και οι στρωματικές δυστροφίες του κερατοειδούς.