Ο αιτιολογικός παράγοντας της ιογενούς εγκεφαλίτιδας που μεταδίδεται από κρότωνες ανήκει στο γένος των φλαβοϊών. Το ιικό σωματίδιο είναι σφαιρικό, διαμέτρου 40-50 nm, περιέχει RNA και αναπαράγεται καλά σε πολλές καλλιέργειες ιστών. Από τα πειραματόζωα, τα λευκά ποντίκια, τα χάμστερ, οι πίθηκοι και οι αρουραίοι βαμβακιού είναι τα πιο ευαίσθητα στον ιό. Πολλά κατοικίδια ζώα είναι επίσης ευαίσθητα στον ιό της εγκεφαλίτιδας που μεταδίδεται από κρότωνες.