Ο αιτιολογικός παράγοντας της ιογενούς εγκεφαλίτιδας που φέρει κρότωνες ανήκει στο γένος Flaviviruses. Το βιριόν έχει σφαιρικό σχήμα, διάμετρο 40-50 nm, περιέχει RNA, αναπαράγεται καλά σε πολλές καλλιέργειες ιστών. Από πειραματόζωα λευκοί ποντικοί, χάμστερ, πιθήκους, βαμβάκι αρουραίοι είναι πιο ευαίσθητοι στον ιό. Είναι ευαίσθητο στον ιό της εγκεφαλίτιδας και σε πολλά κατοικίδια ζώα.