Κάθε πρωτεύουσα λιποπρωτεΐνη χαρακτηρίζεται από την παρουσία στη σύνθεση της μιας ατομικής, μόνο έμφυτης πρωτεΐνης (απολιποπρωτεΐνης). Οι απολιποπρωτεΐνες υποδηλώνονται με λατινικά γράμματα, μερικά από τα οποία είναι μια οικογένεια πρωτεϊνών και υποδεικνύονται επίσης με αριθμούς (για παράδειγμα, apo-Α1, apo-Α2, κλπ.).