Κάθε πρωτογενής λιποπρωτεΐνη χαρακτηρίζεται από την παρουσία μιας μεμονωμένης πρωτεΐνης (απολιποπρωτεΐνη) που είναι εγγενής μόνο σε αυτήν. Οι απολιποπρωτεΐνες χαρακτηρίζονται με λατινικά γράμματα και ορισμένες από αυτές αντιπροσωπεύουν μια οικογένεια πρωτεϊνών και επιπρόσθετα χαρακτηρίζονται με αριθμούς (για παράδειγμα, apo-A1, apo-A2, κ.λπ.).