Οι αιτίες της σκληρυντικής χολαγγειίτιδας είναι πολυάριθμες. Το αποτέλεσμα είναι η προοδευτική ίνωση και, ως εκ τούτου, η εξαφάνιση εντός και / ή εξωηπατικών χολικών αγωγών. Στα αρχικά στάδια της βλάβης του χοληφόρου πόρου και του ηπατοκυττάρου δεν είναι τόσο έντονη, η ηπατική ανεπάρκεια αναπτύσσεται αργότερα.