Ορισμένοι τύποι αυτοάνοσης ηπατίτιδας δεν έχουν σαφώς προσδιορισμένη αιτία, ενώ άλλοι σχετίζονται με γνωστούς παράγοντες όπως το θειενικό οξύ (διουρητικό) ή με ασθένειες όπως η ηπατίτιδα C και D. Γενικά, η αυτοάνοση ηπατίτιδα άγνωστης αιτιολογίας έχει μια πιο δραματική κλινική εικόνα, με υψηλότερη δραστικότητα τρανσαμινασών ορού και επίπεδα γ-σφαιρίνης, η ιστολογική εξέταση του ήπατος υποδηλώνει υψηλότερη δραστικότητα από ό,τι σε περιπτώσεις γνωστής αιτιολογίας, και καλύτερη ανταπόκριση στη θεραπεία με κορτικοστεροειδή.