Ο μηνιγγιόκοκκος είναι αρνητικά κατά gram σφαιρικά κύτταρα με διάμετρο 0,6-0,8 μικρά. Τα επιχρίσματα που παρασκευάζονται από το υλικό που λαμβάνεται από τον ασθενή, είναι υπό τη μορφή κόκκων καφέ, συχνά διατεταγμένα σε ζεύγη ή σε τετράδες ή τυχαία, συχνά εντός λευκοκύτταρα - ατελής φαγοκυττάρωση.