Τα συμπτώματα της δυσαπορρόφησης της βιταμίνης Β12 αναπτύσσονται από τους πρώτους μήνες της ζωής του παιδιού. Σημειώνουν αδυναμία, χλιδή, καθυστέρηση στη σωματική ανάπτυξη, διάρροια. Μετά από 6-30 μήνες μετά την εμφάνιση των πρώτων συμπτωμάτων παρατηρούνται νευρολογικές διαταραχές: νοητική καθυστέρηση, νευροπάθεια, μυελοπάθεια.