Ο έμμηνος κύκλος αντικατοπτρίζει την δραστηριότητα του άξονα υποθαλάμου-υπόφυσης-ωοθηκών, το οποίο δεικνύεται δομικές και λειτουργικές αλλαγές στο αναπαραγωγικό σύστημα: τη μήτρα, τις σάλπιγγες, ενδομήτριο, του κόλπου. Κάθε κύκλος τελειώνει με εμμηνορροϊκή αιμορραγία, η πρώτη ημέρα της οποίας θεωρείται η αρχή του κύκλου.