Η θεραπεία των εγκεφαλικών αποστημάτων μπορεί να είναι συντηρητική και χειρουργική. Η μέθοδος θεραπείας εξαρτάται κυρίως από το στάδιο ανάπτυξης του αποστήματος, το μέγεθος και τον εντοπισμό του. Στο στάδιο του σχηματισμού της εγκεφαλικής εστίασης (η διάρκεια της αναμνησίας είναι μέχρι 2 εβδομάδες), καθώς και με μικρές αποστάσεις (<3 cm διαμέτρου), συντηρητική θεραπεία ενδείκνυται.