Σε περίπτωση συχνών εξάρσεων πυελονεφρίτιδας (περισσότερες από δύο εντός 6 μηνών), η πρόληψη της πυελονεφρίτιδας συνίσταται στη συνταγογράφηση μηνιαίων προφυλακτικών αγωγών (1-2 εβδομάδες) αντιβακτηριακών παραγόντων, ωστόσο, προς το παρόν δεν έχουν ληφθεί αξιόπιστα δεδομένα που να υποδεικνύουν τη σκοπιμότητα τέτοιων αγωγών.