Στην πρωτοβάθμια φυματίωση βλάβη συνήθως εντοπίζεται στους λεμφαδένες, πνεύμονα, του υπεζωκότα, και μερικές φορές σε άλλα όργανα: νεφρά, τις αρθρώσεις, τα οστά, περιτόναιο. Η ζώνη μιας συγκεκριμένης φλεγμονής μπορεί να είναι πολύ μικρή και να παραμείνει κρυμμένη κατά τη διάρκεια της εξέτασης. Με μεγάλη ζημιά, συνήθως συναντάται κατά τις κλινικές και ακτινολογικές εξετάσεις του ασθενούς.