Ο προσδιορισμός του αιτιολογικού παράγοντα είναι ζωτικής σημασίας για την επιβεβαίωση της διάγνωσης της πνευμονοκυστερίωσης. Το βασικό υλικό για μελέτη - πτύελα, βρογχικές εκκρίσεις, πλύσεις που λαμβάνεται με πλύση του βρόγχους ή βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα, φέτες πνευμονικό ιστό που λαμβάνονται από διαβρογχική, διαδερμική ή ανοικτή βιοψία. Τις περισσότερες φορές, λόγω της σοβαρής κατάστασης του ασθενούς, οι χειρισμοί αυτοί δεν πραγματοποιούνται για την αποφυγή επιπλοκών.