Η εγκεφαλίτιδα στην ανεμοβλογιά είναι μια σοβαρή λοιμώδης-αλλεργική ασθένεια. Η εγκεφαλίτιδα στην ανεμοβλογιά αναπτύσσεται την 3η-7η ημέρα μετά την εμφάνιση εξανθήματος. Σπάνια η εγκεφαλίτιδα εμφανίζεται σε μεταγενέστερες περιόδους ή στην περίοδο προ-εκλαμισμού. Υπάρχουν υπερθερμία, κώμα, σπασμοί, μηνιγγικά συμπτώματα, πυραμιδικές και εξωπυραμιδικές διαταραχές.