Όλα τα προβιοτικά χωρίζονται σε διάφορες ομάδες ανάλογα με το τι αποτελεί τη βάση της ταξινόμησης. Ένα προβιοτικό μπορεί να περιέχει πολλά συστατικά, από αυτή την άποψη, διακρίνονται τα μονοσυστατικά παρασκευάσματα, τα οποία έχουν μόνο έναν συγκεκριμένο τύπο βακτηρίων. Αυτοί οι μικροοργανισμοί είναι αναμφίβολα χρήσιμοι για τα έντερα, ιδιαίτερα για τη μικροχλωρίδα.