γονιδίωμα HCV περιέχει την θετικά φορτισμένη μονόκλωνο RNA, το οποίο κωδικοποιεί 3 δομικές (πυρηνοκαψίδιο πρωτείνη πυρήνα και νουκλεοπρωτεΐνες περιβλήματος Ε1-Ε2) και 5 δομικές πρωτεΐνες (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5). Κάθε μία από αυτές τις πρωτεΐνες βρίσκονται συντίθενται αντισώματα στο αίμα των ασθενών με ηπατίτιδα C.