Ο προσδιορισμός αντισωμάτων στο μικροσωμικό κλάσμα του θυρεοειδούς αδένα χρησιμοποιείται για τη διάγνωση αυτοάνοσης θυρεοειδίτιδας και υποθυρεοειδισμού, όπου το επίπεδο των αντισωμάτων στο αίμα αυξάνεται. Αντισώματα προς μικροσώματα θυρεοειδούς σχηματίσουν ανοσοσύμπλοκα στην κυτταρική επιφάνεια, ενεργοποιούν το συμπλήρωμα και κυτταροτοξικά λεμφοκύτταρα, η οποία οδηγεί στην καταστροφή των κυττάρων και του σχηματισμού της φλεγμονώδους διεργασίας στο θυρεοειδή.