Πολλοί μικροοργανισμοί μπορούν να προκαλέσουν κυστίτιδα. Σε αυτούς περιλαμβάνονται τα E. coli, Proteus, η κοκκώδης χλωρίδα κ.λπ. Η φλεγμονή μπορεί να εμφανιστεί μετά από διάφορους χειρισμούς - σε μια τέτοια περίπτωση, τα αρνητικά κατά Gram βακτήρια συχνά γίνονται παθογόνα.