Οι αιτιολογικοί παράγοντες της κυστίτιδας είναι ικανοί να γίνουν πολλοί μικροοργανισμοί. Αυτό είναι το Ε. Coli, το Proteus, η κοκκώδης χλωρίδα, κλπ. Η φλεγμονή μπορεί να συμβεί μετά από διάφορες χειρουργικές παρεμβάσεις - τα Gram-αρνητικά βακτήρια γίνονται οι πιο συνηθισμένοι αιτιολογικοί παράγοντες.