Πριν από την ταξινόμηση και τη θεραπεία, πρέπει να γίνει διάγνωση οποιασδήποτε ασθένειας, συμπεριλαμβανομένης της χρόνιας προστατίτιδας, δηλαδή να αναγνωριστούν και να ερμηνευθούν σωστά οι κλινικές εκδηλώσεις και οι εργαστηριακές μεταβολές σε συγκεκριμένο ασθενή.