Το σύνδρομο Rett προκαλείται από μεταλλάξεις στο γονίδιο MECP2, το οποίο εκφράζεται σε μεγάλο βαθμό στον εγκέφαλο και φαίνεται να παίζει σημαντικό ρόλο στη διατήρηση υγιών νευρώνων. Το γονίδιο βρίσκεται στο χρωμόσωμα Χ και το σύνδρομο επηρεάζει κυρίως κορίτσια.